Rođen je u Kartumu (današnji Sudan) u egipatskoj porodici 1901. godine. Na studij medicine u Njemačku otišao je 1922, a nakon što je stekao zvanje doktora, počeo je da radi u velikoj bolnici u Berlinu, gdje je kasnije postao šef odjela za urologiju.
Kada su nacisti 1933. došli na vlast, počeli su da otpuštaju jevrejske ljekare. Sam Helmy nije bio otpušten, ali je prema nacističkoj rasnoj teoriji klasificiran kao hamit (potomci Hama, sina Nuha/Noe). Terminom hamit, koji je u rasnoj nauci prihvaćen tokom 19. stoljeća, označavani su stanovnici Sjeverne Afrike, Afričkog roga, Južne Arabije, uključujući i drevne Egipćane. Budući da nije bio arijevske rase, dr. Helmy je, također, bio diskriminiran; da bi naposlijetku bio otpušten iz bolnice 1938. Posljedično tome, uskraćeno mu je pravo da se vjenča sa svojom njemačkom zaručnicom (s kojom se nakon rata vjenčao i proveo ostatak života). Štaviše, 1939. i ponovo 1940. uhapšen je zajedno s ostalim egipatskim državljanima, ali je pušten godinu dana kasnije zbog zdravstvenih problema.
Koliba u Berlinu-Buchu
Tokom velike deportacije Jevreja iz Berlina 1942. godine, kada su vidjeli da je vrag odnio šalu i da niko više nije siguran, Helmy je sopstveni život stavio na kocku pokušavajući da spasi 21-godišnju prijateljicu Annu Boros i njenu porodicu.
“Dobar prijatelj naše porodice, doktor Helmy (…) skrivao me je u svojoj kolibi u Berlinu-Buchu od 10. marta do kraja rata. Od 1942. nisam imala nikakav kontakt sa spoljnim svijetom. Gestapo je znao da je dr. Helmy naš porodični ljekar, i znali su da posjeduje kolibu u Berlinu-Buchu (…) uprkos svemu, uspio je da izvrda svim njihovim ispitivanjima. U takvim slučajevima odvodio bi me kod prijatelja gdje bih ostala nekoliko dana, predstavljajući me kao svoju rođaku iz Drezdena. Kada bi opasnost prošla, vratila bih se u njegovu kolibu…”, napisala je Anna Boros nakon rata.
Znajući da je nearijevac i da je imao židovske prijatelje, nacisti su dr. Helmya nerijetko pratili i podvrgavali ispitivanjima i pretresima.
A koliko se trudio da spasi Annu najbolje svjedoče dva sačuvana dokumenta iz 1943, na njemačkom i arapskom jeziku; Helmy je pribavio potvrdu Centralnog islamskog instituta u Berlinu, na čijem je čelu bio jerusalemski muftija Amin al-Husseini, koji mu je izdao potvrdu da se preobratila na islam, i potvrdu o braku (na arapskom jeziku) koja govori da je bila udata za drugog Egipćanina na ceremoniji koja je održana u Helmyevoj kući. S obzirom da obje potvrde datiraju iz 1943, vjerovatno ih je pribavio kao “slamku spasa” u slučaju da Anna bude uhvaćena.
Dokument o sklapanju šerijatskog braka Anne Boros i jednog Egipćanina u Berlinu.
Sve vrijeme, uporedo s Annom, brinuo je i o njenoj majci Julie, očuhu Gerogu Wehru i njenoj baki Ceciliji Rudnik, koje je odvojeno skrivao. Ceciliu Rudnik skrivao je u kući Friede Szturmann, s kojom je dijelila hranu i dom više od godinu dana.
Odlučujući trenutak dogodio se 1944. godine kada su Wehri uhvaćeni, a tokom njihovog ispitivanja otkriveno je da im Helmy pomaže i krije Annu u kolibi. Helmy je po saznanju da su uhvaćeni, Annu odmah odveo u dom Friede Szturmann. Zahvaljujući vlastitoj domišljatosti uspio je izbjeći hapšenje pokazavši policiji pismo koje mu je Anna navodno napisala, rekavši da je kod tetke u Desauu.
Zahvaljujući pomoći i nesvakidašnjoj hrabrosti Muhameda Helmya i Friede Szturmann, četiri člana porodice preživjela su holokaust. Nakon rata emigrirali su u Ameriku, ali svoje spasioce nikad nisu zaboravili, pa su 1950-ih i početkom 1960-ih u svoje ime pisali pisma Berlinskom senatu tražeći da ih proglase herojima.
Odlikovanje Pravednici među narodima
Dr. Muhamed Helmy živio je u Berlinu sve do svoje smrti 1982. godine. Frieda Szturmann umrla je 1962. Yad Vashem, memorijalni centar holokasuta, posthumno ih je 2013. godine odlikovao Pravednicima među narodima.
Dr. Helmy je bio prvi Arap kojem je pripala ta čast. S obzirom da nije imao djece, država Izrael se trudila da pronađe preživjele rođake kako bi im uručila odlikovanje. Najzad, uz pomoć ambasade pronašli su ih u Egiptu, ali oni su odbili da prihvate odlikovanje Pravednika među narodima.
“Da se bilo koja druga država ponudila da oda počast Helmyu, bili bismo sretni zbog toga, ali ne i u slučaju Izraela”, rekla je Muhamedova nećaka.
Ipak, četiri godine nakon tog slučaja, filmska direktorica Taliya Finkel, koja je radila film o dr. Muhamedu Helmyu, pronašla je sina njegovog nećaka – Nassera Qutbya, 81-godišnjeg profesora medicine, koji je pristao da prihvati odlikovanje od izraelskog ambasadora, ali ne u izraelskoj ambasadi već u njemačkom Ministarstvu vanjskih poslova u Berlinu, čime je okončana saga o muslimanskom Pravedniku koji je tokom holokausta rizikovao vlastiti život kako bi spasio svoje jevrejske prijatelje.
Yad Vashem navodi da je zabilježio više od 26.500 Pravednika među narodima, među kojima i oko 70 muslimana.