Stanišiću je u kaznu uračunato vrijeme provedeno u pritvoru od 21. juna 2012. do 12. decembra 2013. godine.
Naime, nakon više od pet godine Sud Bosne i Hercegovine izrekao je danas presudu Stanišiću i Miloševiću, optuženima za genocid u Srebrenici.
Sudilo im se za ubistvo oko 800 Srebreničana jula 1995. godine na brani kod zvorničkog sela Petkovci. Prema optužnici, Stanišić je bio komandant Šestog bataljona Zvorničke brigade Vojske Republike Srpske (VRS), a Milošević njegov zamjenik.
U optužnici se, između ostalog, navodi da su optuženi Ostoja Stanišić, u svojstvu komandanta 6. bataljona Zvorničke brigade i Marko Milošević, u svojstvu zamjenika komandanta 6. bataljona Zvorničke brigade, u julu 1995. godine na području sela Petkovci i Đulići, općina Zvornik, svjesno pružili pomoć pripadnicima VRS-a i MUP-a RS u provođenju plana da se trajno i prisilno ukloni ukupno bošnjačko civilno stanovništvo iz zaštićene UN zone Srebrenica, pri čemu je do 40.000 bošnjačkih civila preseljeno iz enklave Srebrenica, a više od 7.000 bošnjačkih muškaraca i dječaka ubijeno po prijekom postupku.
Optužnica je teretila Ostoju Stanišića i Marka Miloševića za krivično djelo genocid iz člana 171. tačka a) i b) Krivičnog zakona BiH (KZ BiH), sve u vezi sa članom 180. stav 1. (individualna krivična odgovornost) istog zakona.
U augustu 2012. godine, u predmetu Ostoja Stanišić i dr. Sud je potvrdio optužnicu kojom se Ostoja Stanišić i Marko Milošević terete za krivično djelo genocid iz člana 171. tačka a) i b) Krivičnog zakona BiH (KZ BiH), sve u vezi sa članom 180. stav 1. (individualna krivična odgovornost) istog zakona.
Na ročištu za izjašnjenje o krivnji, održanom 5. septembra 2012. godine, pred Odjelom I za ratne zločine Suda BiH, optuženi Ostoja Stanišić i Marko Milošević izjasnili su se da nisu krivi.
U oktobru 2012. godine počeo je glavni pretres u ovom predmetu. Nakon okončanog glavnog pretresa u predmetu Ostoja Stanišić i dr., vijeće Odjela I za ratne zločine Suda Bosne i Hercegovine je 31. marta 2017. godine, izreklo presudu kojom je optuženi Ostoja Stanišić oglašen krivim za krivično djelo genocid iz člana 141. Krivičnog zakona Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije (KZ SFRJ) , u vezi sa članom 24. istog zakona (pomaganje) i osuđen na kaznu zatvora u trajanju od 11 godina.
Istom presudom optuženi Marko Milošević je oslobođen optužbe da je počinio krivično djelo genocid iz člana 171. tačka a) i b) Krivičnog zakona BiH u vezi sa članom 180. stav 1. i članom 31. KZ BiH.
Sjednica Apelacionog vijeća održana je 5. decembra 2017. godine.
U predmetu Ostoja Stanišić i dr. protiv optuženih Ostoje Stanišića i Marka Miloševića, zbog krivičnog djela genocid iz člana 171. tačka a) i b) Krivičnog zakona Bosne i Hercegovine, u vezi sa članom 180. stav 1. i članom 31. istog zakona, vijeće Apelacionog odjeljenja je, nakon održane javne sjednice donijelo presudu kojom se odbija kao neosnovana žalba Tužilaštva Bosne i Hercegovine, te se potvrđuje prvostepena presuda Suda Bosne i Hercegovine od 31. marta 2017. godine.
U oslobađajućem dijelu, u odnosu na optuženog Marka Miloševića, uvažava se žalba optuženog Ostoje Stanišića, kao i žalba branilaca optuženog Ostoje Stanišića, te se ukida presuda Suda Bosne i Hercegovine od 31. marta 2017. godine u osuđujućem dijelu i zakazuje održavanje pretresa pred Apelacionim vijećem.
Vijeće je, takođe, donijelo i rješenje kojim se utvrđuje da i dalje postoje okolnosti koje opravdavaju trajanje mjere zabrane putovanja optuženom Ostoji Stanišiću, uz privremeno oduzimanje putne isprave, zabranu izdavanja nove, te zabranu korištenja lične krate za prelazak državne granice.
