Nalazi Agencije za vodno područje sliva rijeke Save pokazuju da je u posljednjih deset godina najlošije stanje u podslivu rijeke Bosne i to u slivu Spreče koja nosi epitet najzagađenije rijeke u zemlji.
Skoro cijelim svojim tokom ova rijeka trpi zagađenja od strane i građana i industrije. Na ovaj problem nadležne institucije i ekološki aktivisti upozoravaju godinama jer prekomjerno hemijsko i biološko zagađenje rijeke i njenih pritoka direktno ugrožava zdravlje, ali i ekonomski prosperitet stanovnika ovog područja.
Nasuprot tome je rijeka Una pored koje, istini za volju, nema velikih zagađivača. Ali ne treba zanemariti ulogu građana i nevladinog sektora koji unazad nekoliko desetljeća neumorno rade na očuvanju rijeke i podizanju ekološke svijesti.
Agencija izdvaja oko četiri miliona maraka za zaštitu vodotoka prve kategorije. U Unsko – sanskom kantonu ih je pet i svi su u vrhu ljestvice kada govorimo o kvaliteti. Istraživačka laboratorija Agencije za vodno područje sliva rijeke Save pored ostalog se bavi ispitivanjem kvalitete voda u Federaciji.
