Izetbegović je rođen u Bosanskom Šamcu u uglednoj begovskoj porodici. Kada su mu bile tri godine,otac Mustafa, trgovac po zanimanju, odlučio se na selidbu u Sarajevo s devetočlanom porodicom. Mustafa Izetbegović je Imao dva sina iz prvog braka te tri kćeri i dva sina iz braka sa Alijinom majkom Hibom rođenom Džabija. Alija Izetbegović je bio peto dijete po rođenju.
Izetbegović je u Sarajevu pohađao Prvu realnu mušku gimnaziju i već tada se počeo suočavati s dilemama oko pitanja „socijalne pravde i nepravde“, s jedne, i vjere u Boga, s druge strane. Čitao je mnogo, i književna i filozofska djela koja je pročitao u završnim razredima gimnazije imala su važnu ulogu u njegovom obrazovanju i sazrijevanju. U književnosti su to bili romani Dostojevskog, a u filozofiji Propast Zapada Oswalda Spenglera i Stvaralačka evolucija Henria Bergsona te ukupno djelo Immanuela Kanta. Ipak, nakon perioda mladalačkih dilema i lutanja, vratio se “ponovo pronađenoj vjeri” koju nikada više nije izgubio, a tako vraćena vjera bila je mnogo čvršća od one koju je stekao porodičnom tradicijom.
Izetbegović je maturirao 1943. godine na sarajevskoj Prvoj muškoj gimnaziji. Sarajevo je tada bilo pod ustaškom okupacijom, odnosno čitava Bosna i Hercegovina je bila pod okupacijom pronacističke Nezavisne države Hrvatske, tako da se morao skrivati cijelu 1944. godinu kako bi izbjegao mobilizaciju u neku vojnu formaciju ustaškog režima. U to vrijeme upoznao je buduću suprugu Halidu Repovac, čija su dvojica braće (Bakir i Muhamed Repovac) stradali kao pripadnici antifašističkog pokreta otpora.
U toku rata, Alija Izetbegović se bavio humanitarnim radom, pomažući prognanim civilima u okviru pokreta “Mladi muslimani”, gdje je još prije rata pokušao pronaći i artikulaciju vlastitih političkih i idejnih opredjeljenja. Islam, te antifašizam i antikomunizam, određivali su opću orijentaciju ovog pokreta.
Nakon rata, novouspostavljena komunistička vlast je u pokretu vidjela opasnost i već 1946. godine počela su prva hapšenja. Među uhapšenima bio je i Alija Izetbegović koji se tada nalazio na odsluženju vojnog roka u Jugoslavenskoj armiji, te mu je suđeno pred Vojnim sudom u Sarajevu: dobio je tri godine strogog zatvora.
Ubrzo po izlasku iz zatvora 1949. godine, Izetbegović je, mada više zainteresiran za pravo, upisao studij agronomije u Sarajevu, te formirao porodicu. Narednih deset godina radio je na gradilištima, najviše u Crnoj Gori – sedam godina, gdje je upravljao izgradnjom Hidrocentrale „Perućica“ kod Nikšića. Istovremeno je studirao i izdržavao porodicu. Na trećoj godini napustio je agronomiju i upisao studij prava na Sarajevskom univerzitetu, da bi diplomirao u roku od dvije godine, 1956. godine. U međuvremenu je dobio troje djece – dvije kćerke i sina.
Kao pravnik, Izetbegović je nastavio raditi u građevinskom sektoru (NISKOGRADNJA, PUT, IPSA, CONSULTING). Položio je pravosudni ispit 1962., ali se nije profesionalno bavio advokaturom. U širokom spektru interesovanja – od praćenja svemirskih programa, političkih događaja u svijetu i zemlji, razvoja nauke i tehnologije, do učenja stranih jezika, ali i hobija poput šaha – islam i stanje muslimanskih naroda ostaju u središtu Izetbegovićeve pažnje. Napisao je i, pod pseudonimom L.S.B. – koji je sačinjen od početnih slova imena njegovih kćerki i sina, objavio više članaka na tu temu (kasnije sabrani pod naslovom Problemi islamskog preporoda), a 1969. je napravio nacrt za tekst Islamska deklaracija, koju je tokom 1970. završio i objelodanio. Ovaj nevelik tekst (oko 40 stranica,) koji se odnosi na muslimanski svijet “od Maroka do Indonezije”, izazvao je živo interesovanje tek nakon montiranog političkog „Sarajevskog procesa“ Izetbegoviću i dvanaestero muslimanskih intelektualaca1983. godine. Iako optužba nije ponudila nikakve konkretne dokaze, Izetbegović je osuđen za tzv. islamski fundamentalizam i udruživanje radi rušenja ustavnog poretka te delikt mišljenja.
Svoju drugu knjigu – Islam između Istoka i Zapada – Izetbegović je u važnim dijelovima napisao još prije prvog odlaska u zatvor 1946. godine. Kada je uhapšen, njegova sestra Arzija ju je sakrila i tako sačuvala rukopis. Na ovom rukopisu Izetbegović je kasnije intenzivno radio i jedan duži fragment o religiji i umjetnosti objavio je 1971. u beogradskom časopisu “Kultura”, u tematskom broju koji je bio posvećen religiji i koji je bio privremeno zabranjen zbog teksta o marksizmu ruskog filozofa Nikolaja Berđajeva.
Desetak godina kasnije, dovršen rukopis knjige Islam između Istoka i Zapada poslao je prijatelju u Kanadu. Nekoliko mjeseci nakon toga, u martu 1983., Izetbegović je uhapšen i na montiranom suđenju u avgustu iste godine osuđen na 14 godina zatvora. Zajedno s njim osuđeno je još 12 muslimanskih intelektualaca, za “udruživanje radi rušenja ustavnog poretka” i “verbalni delikt”. Mnogi se nisu međusobno ni poznavali.
Knjiga Islam između istoka i zapada objavljena je na engleskom jeziku u Americi 1984. i na bosanskom jeziku u Beogradu 1988., dok je Izetbegović bio u zatvoru. U knjizi, koja je prevedena na devet jezika, autor se bavi islamom i njegovim mjestom u aktuelnom svijetu, otvarajući istovremeno niz tema i pitanja koja se tiču čovjekovog stanja uopće. Iako je optužba koristila tekst Islamske deklaracije u montiranom procesu protiv Izetbegovića, on je smatrao da je ustvari knjiga Islam između istoka i zapada bila razlog za njegovo hapšenje. Naravno, s obzirom na probuđen interes za njegovo djelo za vrijeme i poslije Sarajevskog procesa, i knjiga Islamska deklaracija prevedena je na više stranih jezika.
Tokom drugog boravka u zatvoru, Izetbegović je počeo pisati bilješke. Bila su to razmišljanja o životu i sudbini, o vjeri i politici, o pročitanim djelima i njihovim autorima, ali i ekonomiji i fizici. Tako je nastalo trinaest „sveščica“, kako ih je on nazivao, formata A5, koje je Izetbegović uredio i objavio 1999. godine pod naslovom Moj bijeg u slobodu.
Izetbegović je u zatvoru nastavio borbu za smanjenje kazne. Pisao je Vrhovnom sudu Bosne i Hercegovine i Saveznom sudu Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije (SFRJ), ukazujući na nezakonitost sudskog procesa. U žalbenom postupku, Vrhovni sud BiH je kaznu simbolično smanjio, sa 14 na 12 godina zatvora; Savezni sud SFRJ je presudu preinačio i sveo je na ‘verbalni delikt’, za koji mu je izrekao konačnu kaznu od devet godina. Uskoro nakon toga, pod pritiskom demokratskih promjena u zemlji, odredba Krivičnog zakona o ‘verbalnom deliktu’ je ukinuta. Izetbegović je odležao pet godina i osam mjeseci i konačno izašao na slobodu 25. novembra 1988. godine.
U drugoj godini po izlasku iz zatvora, u maju 1990, Izetbegović sa grupom istomišljenika osniva Stranku demokratske akcije (SDA). Programski ciljevi Stranke predviđali su afirmaciju univerzalnih vrijednosti slobode, demokratije, jednakosti i ljudskih prava, te tržišne privrede i pozitivnih funkcija socijalne države. Na osnivačkoj skupštini Izetbegović je izabran za predsjednika Stranke. Osnivački dokument – Programska deklaracija je odavao njegov autorski rukopis i u njemu je istaknuto da se pod demokratijom podrazumijeva vladavina naroda koja je regulirana vladavinom pravednih zakona. Deklaracija se posebno osvrnula na odbranu državnosti BiH i samobitnosti Bošnjaka kao autohtonog evropskog muslimanskog naroda.
Na prvim demokratskim izborima 18. novembra 1990. SDA je odnijela ubjedljivu pobjedu: od 240 poslaničkih mjesta u Skupštini Republike Bosne i Hercegovine, SDA je osvojila 86 mandata, a u sedmočlanom Predsjedništvu, tri člana su bili kandidati SDA. Izetbegović je izabran za predsjednika Predsjedništva Republike BiH, u vrijeme teške ekonomske i političke krize u Jugoslaviji. Tokom naredne godine, kao predstavnik Bosne i Hercegovine učestvuje u sastancima ‘šestorke’ (predsjednici Predsjedništava 6 republika SFRJ) u nastojanju da se pronađe okvir za opstanak Jugoslavije i time spriječi agresivni rat s ciljem promjene granica republika za koji bi najveću cijenu platili Bosna i Hercegovina i Bošnjaci. S makedonskim predsjednikom Kirom Gligorovim ponudio je platformu za reformirano, asimetrično ustrojstvo federativne Jugoslavije, koja nije dobila potrebnu podršku ostalih.
