Jovica Stanišić i Franko Simatović uhapšeni su 13. marta 2003. u Srbiji i prebačeni u Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) 30. maja, odnosno 11. juna 2003.
Pretresno vijeće MKSJ-a je 1. maja 2003. potvrdilo njihovu optužnicu u kojoj se navodi da su dvojica optuženih bili saučesnici u udruženom zločinačkom poduhvatu (UZP) koji je imao za cilj prisilno i trajno uklanjanje većine nesrba s velikih područja u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini putem činjenja krivičnih dijela progona, ubistva, deportacije i nehumanih dkela.
Dana 30. maja 2013., Pretresno vijeće I MKSJ-a je, većinom glasova, zaključilo da Stanišić i Simatović nisu odgovorni za počinjenje zločina navedenih u optužnici putem učešća u UZP jer je Pretresno vijeće smatralo da nije dokazano van razumne sumnje da su optuženi posjedovali traženu namjeru da se ostvari zajednički zločinački cilj. Pretresno vijeće je također smatralo da nije dokazano van razumne sumnje da su njih dvojica planirali ili naredili te zločine.
Nadalje, Pretresno vijeće je, većinom glasova, zauzelo stav da nije dokazano van razumne sumnje da su optuženi pomagali i podržavali te zločine. Pretresno vijeće je stoga, većinom glasova, oslobodilo Stanišića i Simatovića krivice po svim tačkama optužnice.
Nakon što je tužilaštvo uložilo žalbu, Žalbeno vijeće MKSJ-a je 15. decembra 2015. djelimično prihvatilo tu žalbu i poništilo oslobađajuće presude. Žalbeno vijeće je, većinom glasova, zaključilo da je Pretresno vijeće pogriješilo kada je propustilo da donese zaključke o postojanju i obimu zajedničkog zločinačkog cilja koji je dijelilo više osoba prije nego je zaključilo da postojanje namjere kod Stanišića i Simatovića nije dokazano.
Postupivši tako, Žalbeno vijeće je, većinom glasova, zaključilo da je Pretresno vijeće pogrešno primijenilo pravo zato što je propustilo da presudi i da navede obrazloženo mišljenje u vezi s osnovnim elementima odgovornosti za UZP.
Žalbeno vijeće MKSJ-a je naložilo da se Stanišiću i Simatoviću ponovo sudi po svim tačkama optužnice na osnovu pravila 117(C) Pravilnika o postupku i dokazima MKSJ-a.
Obojica optuženih su prvi put stupili pred Mehanizam 18. decembra 2015. i izjasnili se da nisu krivi. Dana 12. oktobra 2016, tužilaštvo je podnijelo javnu redigovanu verziju svog pretpretresnog podneska (koji je na povjerljivoj osnovi podnijet 5. septembra 2016).
Jovica Stanišić i Franko Simatović su 7. novembra 2016. podnijeli svoje pretpretresne podneske na povjerljivoj osnovi. U skladu s odlukom Pretresnog vijeća od 2. februara 2017., tužilaštvo je podnijelo svoj revidirani pretpretresni podnesak 9. marta 2017, a optuženi su svoje revidirane pretpretresne podneske podnijeli 30. marta 2017.
Suđenje pred Mehanizmom započelo je 13. juna 2017. iznošenjem uvodne riječi tužilaštva. Dokazni postupak tužilaštva okončan je 21. februara 2019. U sudnici je saslušan ukupno 51 svjedok tužilaštva.
Dana 9. aprila 2019, Pretresno vijeće je donijelo usmenu odluku na osnovu pravila 121 Pravilnika o postupku i dokazima Mehanizma i odbilo zahtjev za donošenje oslobađajuće presude koji je podnijeo tim odbrane Franka Simatovića.
Dokazni postupak odbrane započeo je 18. juna 2019. iznošenjem uvodne riječi tima odbrane Jovice Stanišića. Svjedočenje posljednjeg svjedoka odbrane okončano je 8. oktobra 2020. U sudnici je saslušano ukupno 29 svjedoka odbrane. Strane u postupku podnijele su svoje završne pretresne podneske na povjerljivoj osnovi 12. i 13. marta 2021, a iznošenje završnih riječi održano je 12., 13. i 14. aprila 2021.
U sastavu Žalbenog vijeća u ovom predmetu su sudija Burton Hall (predsjedavajući), sudija Joseph E. Chiondo Masanche i sudija Seon Ki Park, saopćeno je iz Međunarodnog rezidualnog mehanizma za krivične sudove.
