Prvi saziv Predsjedništva Bosne i Hercegovine izabran je u septembru 1996. godine, na prvim poslijeratnim izborima. Za člana Predsjedništva BiH iz reda bošnjačkog naroda izabran je Alija Izetbegović, za člana Predsjedništva iz reda srpskog naroda Momčilo Krajišnik, a za člana Predsjedništva iz reda hrvatskog naroda Krešimir Zubak. Ovaj saziv Predsjedništva BiH vršio je dužnost do oktobra 1998. godine, kada su implementirani rezultati izbora iz septembra iste godine i kada je konstituisan drugi saziv Predsjedništva BiH.
Za vrijeme prvog saziva Predsjedništva BiH sjednice državnog organa zakonodavne vlasti održavane su u Zemaljskom muzeju. isto kao i sjednice Parlamentarne skupštine BiH i Vijeća ministara BiH.
Zubak je nakon isteka dvogodišnjeg mandata izabran za predsjednika Federacije BiH, a nakon razlaza s HDZ-om BiH, čiji je kandidat bio na izborima 1996. godine, osnovao je Novu hrvatsku inicijativu i 2001. godine podržao Alijansu za promjene predvođenu SDP-om BiH.
Krajišnik, jedan od osnivača Srpske demokratske stranke (SDS), uhapšen je 2003. godine i pritvoren u zatvoru Međunarodnog suda za bivšu Jugoslaviju u Hagu, nakon čega je optužen za zločin protiv čovječnosti, etničko čišćenje i genocid u Bosni i Hercegovini. Osuđen je na 27 godina zatvora, a 2009. godine mu je Haški sud smanjio kaznu na 20 godina zatvora. Pušten je na slobodu 2013. godine, poslije izdržavanja dvije trećine zatvorske kazne.
Drugi saziv Predsjedništva BiH konstituisan je u oktobru 1998. godine. Te godine, na općim izborima, u Predsjedništvo BiH izabrani su Alija Izetbegović, Živko Radišić i Ante Jelavić. Dvije godine poslije Izetbegović je javnosti saopćio da će se nakon isteka mandata predsjedavajućeg povući s pozicije člana Predsjedništva BiH, što je na kraju i učinio u oktobru 2000. godine.
Na njegovo mjesto Parlamentarna skupština Bosne i Hercegovine izabrala je Halida Genjca za privremenog člana Predsjedništva BiH. Genjac se na ovoj poziciji zadržao svega šest mjeseci s obzirom na to da je na mjesto člana Predsjedništva BiH iz reda bošnjačkog naroda 2001. godine, za vrijeme vladavine Alijanse za promjene, izabran Beriz Belikić.
Visoki predstavnik međunarodne zajednice u BiH Wolfgang Petrich u martu 2001. godine, ličnom odlukom, smijenio je s funkcije člana Predsjedništva BiH Antu Jelavića. U obrazloženju je navedeno da je Jelavić predvodio donošenje političkih odluka s ciljem osnivanja hrvatske federalne jedinice u BiH, kojim je ugroženo ustavno uređenje FBiH i BiH. Navedenom odlukom, koju je kasnije ukinuo Valentin Inzko, Jelaviću je zabranjena svaka politička i javna djelatnost u BiH.
Na temelju optužbi za postojanje tajnih novčanih fondova, odnosno tajnih računa HDZ-a BiH i HVO-a u Hercegovačkoj banci, uhapšen je 2004. godine. Sud BiH 2005. godine u prvostepenom postupku osudio je Jelavića krivim za zloupotrebu položaja i nesavjesno obavljanje službene dužnosti na 10 godina zatvora. S obzirom na to da je ranije pušten na slobodu, Jelavić je dan uoči izricanja presude pobjegao u Hrvatsku, gdje i danas živi.
Na njegovo mjesto Parlamentarna skupština BiH imenovala je Jozu Križanovića (SDP BiH) za člana Predsjedništva iz reda hrvatskog naroda, dok je Živko Radišić ostao na funkciji člana Predsjedništva BiH iz reda srpskog naroda sve do 2002. godine.
Nakon općih izbora u oktobru 2002. godine izabran je treći saziv Predsjedništva BiH, koji su činili Mirko Šarović (član Predsjedništva iz reda srpskog naroda), Dragan Čović (član Predsjedništva iz reda hrvatskog naroda) i Sulejman Tihić (član Predsjedništva iz reda bošnjačkog naroda BiH).
Samo nekoliko mjeseci poslije, odnosno u aprilu 2003. godine, Šarović je podnio ostavku na mjesto člana Predsjedništva BiH, a na njegovo mjesto izabran je Borislav Paravac.
Visoki predstavnik u BiH Paddy Ashdown 2004. godine smijenio je Šarovića s mjesta potpredsjednika SDS-a i zabranio mu političko djelovanje zbog neispunjavanja odredbi Dejtonskog sporazuma (ovu odluku ukinuo je Valentin Inzko).
Šarović je 2005. godine bio optužen za organizovani kriminal, zloupotrebu položaja i udruživanje radi vršenja krivičnog djela. U pritvoru je proveo godinu dana te dobio blizu 100.000 KM odštete jer ga je Sud BiH na kraju oslobodio optužbi.
U martu 2005. godine visoki predstavnik za BiH Paddy Ashdown smijenio je Dragana Čovića s funkcije člana Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda, nakon što je Sud BiH potvrdio optužnicu protiv njega za zloupotrebu položaja.
Čović je 2005. godine optužen da je kao ministar finansija FBiH primio mito od braće Ivanković-Lijanović i pomogao im izbjeći skoro 30 miliona KM carinskih obaveza. Nakon dva sudska postupka koja su trajala osam godina, Vrhovni sud FBiH je Čovića oslobodio optužbi 2013. godine.
Drugi put se našao pred Sudom BiH 2010. godine, kada je optužen da je zloupotrijebio svoj položaj federalnog ministra finansija i s tadašnjim federalnim premijerom Edhemom Bičakčićem nenamjenski potrošio 7,8 miliona KM iz budžetskih rezervi. Tim novcem su kupljeni i renovirani stanovi zaposlenicima u organima zakonodavne, izvršne i sudske vlasti. U martu 2011. godine Sud BiH je Čovića oslobodio optužbi.
Treća optužnica za zloupotrebu položaja i ovlasti protiv Čovića i još šest osoba je potvrđena 14. maja 2010. godine na Kantonalnom sudu Hercegovačko-neretvanskog kantona (HNK). Tužilaštvo HNK ga je teretilo da je s ostalim članovima Upravnog odbora Javnog preduzeća Hrvatske pošte i telekoma (HPT) donio odluku da se dug, od blizu 4,7 miliona KM, koji je imalo ovo preduzeće prema tada već nepostojećem Ministarstvu obrane – HVO, prenese na tri privatne firme. Kasnijom naplatom dugovanja te firme su postale većinski vlasnici dionica Eroneta - najprofitabilnijeg telekomunikacijskog dijela HPT-a.
U vrijeme kad se to dešavalo Čović je bio ministar finansija FBiH, zamjenik premijera FBiH i predsjednik Upravnog odbora HPT-a. Čović je oslobođen optužbe 2013. godine zbog apsolutne zastare krivičnog djela.
Nakon odluke visokog predstavnika za BiH Paddyja Ashdowna o smjeni Dragana Čovića, Parlamentarna skupština BiH je, na osnovu Zakona o popuni upražnjenog mjesta člana Predsjedništva Bosne i Hercegovine, donijela odluku o izboru Ive Mire Jovića za člana Predsjedništva iz reda hrvatskoga naroda.
Jovićev mandat ostat će upamćen po borbi za treći entitet i osnivanje hrvatskog TV kanala u sklopu javnog servisa. Nekadašnji član Predsjedništva BiH u mandatu 2014.-2018. angažovan je kao savjetnik u kabinetu ministrice odbrane BiH Marine Pendeš.
Nakon Općih izbora u oktobru 2006. godine izabran je četvrti saziv Predsjedništva BiH koji su činili Nebojša Radmanović (član Predsjedništva BiH iz Republike Srpske), Željko Komšić (član Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda) i Haris Silajdžić (član Predsjedništva BiH iz reda bošnjačkog naroda).
Ovaj mandat ostat će upamćen po padu Aprilskog paketa u Parlamentarnoj skupštini BiH. Aprilski paket ustavnih promjena bio je najveća, najsveobuhvatnija i najduže rađena platforma ustavnih promjena, za koju su sve veće partije dale podršku. U najkraćem, on je sadržao četiri amandmana, od kojih su ključni da bi BiH dobila jednog predsjednika parlamenta, jednog predsjednika Vijeća ministara BiH i jednog predsjednika BiH sa dva zamjenika. Svi bi morali da budu iz različitih konstitutivnih naroda i da se rotiraju.
Kada je sve bilo formalno dogovoreno, paket je u aprilu 2006. godine pao u parlamentu glasovima Silajdžićeve Stranke za BiH, tada tek osnovanog HDZ-a 1990 i jednim "odmetnutim" glasom tadašnjeg zastupnika SDA Mehmeda Žilića.
Ovaj mandat ključan je i za NATO integracije BiH. Tadašnji predsjedavajući Predsjedništva BiH Nebojša Radmanović potpisao je u decembru 2006. godine Sporazum o pristupanju BiH NATO programu ”Partnerstvo za mir” na sjednici Sjevernoatlantskog saveza u Briselu.
Nakon općih izbora u BiH održanih u oktobru 2010. godine izabran je peti saziv Predsjedništva BiH u sastavu Nebojša Radmanović (član Predsjedništva BiH iz Republike Srpske), Željko Komšić (član Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda) te Bakir Izetbegović (član Predsjedništva BiH iz reda bošnjačkog naroda).
Za vrijeme ovog mandata Bakir Izetbegović podnio je Ustavnom sudu BiH zahtjev za ocjenu ustavnosti člana 3.b) Zakona o praznicima Republike Srpske.
Šesti saziv Predsjedništva BiH izabran je nakon Općih izbora održanih u oktobru 2014. godine. Za članove Predsjedništva BiH izabrani su Mladen Ivanić (član Predsjedništva BiH iz Republike Srpske), Dragan Čović (član Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda) i Bakir Izetbegović (član Predsjedništva BiH iz reda bošnjačkog naroda).
Ovaj mandat obilježile su opstrukcije potpisivanja Ugovora između Islamske zajednice i države BiH, pokušaj pokretanja revizije presude protiv Srbije, ali i otvaranje kabineta člana Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda u Mostaru.
Prema trenutnom stanju, Željko Komšić će ubjedljivo najviše godina provesti na funkciji člana Predsjedništva BiH (12 godina, mandat završava 2022. godine). Iza njega nalaze se Bakir Izetbegović i Nebojša Radmanović (osam godina), a zatim Živko Radišić (šest godina).
Sedmi saziv Predsjedništva BiH bit će konstituisan sutra, a zakletve će položiti Milorad Dodik (član Predsjedništva BiH iz RS-a), Željko Komšić (član Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda) i Šefik Džaferović (član Predsjedništva BiH iz reda bošnjačkog naroda).
