Tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu, Stadion Grbavica ili popularno zvana Dolina ćupova je postala prva borbena linija, a zapadna tribina, prenesena sa stadiona 6. april sa Marijin Dvora prilikom same izgradnje stadiona, zapaljena je, dok je dio stadiona miniran. Sa tribinom zajedno je izgorilo i nestalo 316 pehara.
Potpisivanje Mirovnog sporazuma u Daytonu je donijelo kraj rata, a konačan povratak Grbavice pod kontrolu grada se desio 19. marta 1996. godine.
Od tada pa do danas, Grbavica živi svoj novi život, a s njom i njenim stanovnicima i stadion Grbavica.
Iako gotovo potpuno uništen, na stadionu punom vidnih ožiljaka je već 2. maja 1996. godine odigrana prva zvanična utakmica. Bio je to, prikladno simbolično, gradski derbi u kojem su Željezničar i Sarajevo odigrali neriješeno (1:1).
Dvadesetosam godina poslije Stadion Grbavica dom je odigravanja evropskih utakmica Željezničara.
