Zbog borbe za afirmaciju prava muslimana u BiH na vjeru, komunistička vlast bivše Jugoslavije ga je dva puta osuđivala na dugogodišnje kazne zatvora.
Godine 1990., nakon izlaska iz zatvora u Foči, osnovao je Stranku demokratske akcije, a na prvim višestranačkim izborima održanim 1990. izabran je za člana Predsjedništva BiH. Ostat će zapamćen kao prvi predsjednik Predsjedništva BiH.
Govorio je nekoliko jezika, među kojima su njemački, francuski i engleski. Autor je većeg broja publicističkih radova i studija, te svjetski priznatih knjiga među kojima su najpoznatije "Islam između istoka i zapada", "Problemi islamskog preporoda" i "Islamska deklaracija". Ove knjige prevedene su na nekoliko svjetskih jezika.
Dobitnik je niza priznanja i nagrada među kojima su i medalja Centra za Demokratiju iz Washingtona, titula počasnog doktora pravnih nauka za doprinos zaštiti ljudskih prava i uspostavu mira istanbulskog Marmara univerziteta i prestižnu nagradu za unapređenje ljudskih prava foruma u Kran Montani.
Alija Izetbegović je preminuo 19. oktobra 2003. u 14:25 stani i prema vlastitoj želji ukopan je među bosanskim šehidima na sarajevskom mezarju Kovači.
U svom zadnjem javljanju za televiziju, iako krhkog zdravlja, uputio je savjete, direkcije i upute za one koji će ostati poslije njega: državnici, politički lideri, stranke, sve Bosance i Hercegovce, narod u BiH i za sve ljude koji su bili vezani za teritoriju koju je on predstavljao, vodio i za nju odgovarao.
Za vrijeme dok je Izetbegović ležao na postelji, posjetila su ga velika imena iz BIH, regije, ali i svijeta. Među njima bio je Bill Clinton, nekadašnji predsjednik SAD.
“Kada me je posjetio Bill Clinton, nismo pričali o politici. Iskoristio sam priliku da mu zahvalim za sve što je uradio za Bosnu i Hercegovinu, po meni Clinton je veliki državnik i čovjek – lijepo lice Amerike”, rekao je tada Izetbegović.
Istakao je i kako ima puno poruka i da ne zna koje bi izdvojio da uputi narodu:
“Bitno je da Bosna opstane, ne znam kako, ali da opstane. Treba da Srbi budu Srbi, Bošnjaci-Bošnjaci, Hrvati-Hrvati, ali da svi budu malo više Bosanci. Treba tražiti pravdu, a ne osvetu, jer osveta pokreće lanac zla koji nema kraja. Vladi bih poručio da pripaze na penzionere tako što će uvesti progresivne poreze na visoke plate jer nije pošteno da neko zarađuje za dan jednu penziju – tako Bosna ne može opstati”, kazao je, između ostalog, Alija Izetbegović, koji je rođen 8. augusta 1925. u Šamcu - objavljuje RadioSarajevo.ba.
Zahvaljući entuzijastima i poštovaocima lika i djela Alije Izetbegovića, 19. oktobra 2007. otvoren je Muzej „Alija Izetbegović“, spomenik koji uz šehidsko mezarje Kovači govori o stalnoj borbi za život i smrt u BiH, borbi dobra protiv zla. Muzej se nalazi se u staroj utvrdi grada, u vratničkim kapi kulama Ploča i Širokac.
