Prijave protiv Čavaljuge podnesene su zbog neprovođenja sudskih odluka, lažnog predstavljanja, prekoračenja finansijskog plana. Ranije je prijavu podnio i profesor Ismet Gavrankapetanović koji unatoč sudskoj presudi nije vraćen u nastavni proces na Medicinski fakultet u Sarajevu.
Rektor Univerziteta u Sarajevu Rifat Škrijelj prvu prijavu protiv smijenjene dekanese podnio je u januaru 2019. godine, a zbog novih okolnosti u više navrata je dopunjavao. Uz prijavu je dostavio i svu prateću dokumentaciju, ali do danas nije poznat epilog u slučaju Čavaljuga.
Zbog ovakve situacije na Medicinskom fakultetu kojim rukovodi Čavaljuga čije imenovanje rektor Škrijelj nikada nije potpisao, zaustavljena je i pravna integracija Univerziteta u Sarajevu. Umjesto vraćanja u zakonske okvire s Medicinskog fakulteta traže smjenu rektora Škrijelja označavajući ga glavnim krivcem za probleme na UNSA-i. Zanimljivo je da se NNV Medicinskog fakulteta bavi samo rektorom, a ne primjerice Upravnim odborom UNSA koji je poništio rješenja Medicinskog fakulteta u slučajevima Gavrankapetanović i Bišćević, ili Senatom UNSA-e koje je izglasalo brojne zaključke u vezi s Medicinskim fakultetom.
U godini kada Univerzitet u Sarajevu proslavlja 70. godišnjicu, i kada je na svečanosti održanoj 7. decembra promoviran 5.161 diplomant i magistrant, najstariji univerzitet u BiH je u sjeni narušenih odnosa unutar akademske zajednice, ali i samog odnosa Vlade KS kao osnivača i resornog Ministarstva i ministrice Zinete Bogunić prema ovom problemu koji traje već skoro dvije godine.
Ni skoro dvomjesečni prekid nastave za studente tri fakulteta od strane Medicinskog fakulteta nije bio dovoljan da se osnivač konačno uhvati ukoštac s problemima na Medicinskom fakultetu. Zanimljivo je da ministrica nikada nije komentirala sudske presude u slučaju Gavrankapetanović i Mirze Bišćevića čiji je akademski napredak zaustavljen zbog otkaza na Medicinskom fakultetu. I umjesto da pozove rukovodstvo Medicinskog fakulteta koje je na čestim konsultacijama u njenom kabinetu da provede sudske presude, ministrici nije jasno „iz kojih razloga rektor ne priznaje dekanesu Čavaljuga“.
Kako je prije nekoliko mjeseci potvrđeno za Patriju, Tužilaštvo KS radi na predmetu „Medicinski fakultet“. U pitanju je obimna dokumentacija, a svoj iskaz u Sarajevskom tužilaštvu davalo je više osoba iz akademske zajednice.
