Dan nakon Bošnjačkoj sabora, koji je održan 28. septembra 1993. godine, potpredsjednik SDA Edhem Bičakčić izjavljuje:
“SDA će se zalagati za državu bošnjačkog naroda i građana koji na tom području žive, što znači da će Bošnjaci biti ti koji će činiti ovu državnu zajednicu, a svim ostalim građanima će se garantirati sva ljudska prava po najvišim kriterijima evropskih standarda. (…) Bit će to sekularna država, ali će biti država bošnjačkog naroda. Oni će konstituirati tu državu a ostali narodi imaće manjinska prava.” Istog dana, reisul ulema Mustafa Cerić, je na sličan način dao odgovor za “Večernje novine”: “Kada me pitate za nacionalnu državu, ja bih rekao da će Bošnjaci imati svoju državu, da li će se ona zvati nacionalnom ili drugačije, to u ovom slučaju nije relevantno. Bitno je da Bošnjaci moraju imati svoju domovinu.”
Iako odbija da stavi potpis na teritorijalnu podjelu koja je bila predviđena Owen – Stoltenbergovim mirovnim planom, pod pritiskom evropskih državnika, Izetbegović 16. septembra 1993. godine sa Momčilom Krajišnikom, potpisuje bilateralni sporazum koji bi dao svakoj od etničkih republika Bosne i Hercegovine, pravo na otcjepljenje nakon prelaznog perioda od dvije godine. U isto vrijeme, novine “Liljan” pišu članak u kojima stoji: “Zašto [Alija Izetbegović], ako nema snage da spriječi komadanje BiH, javno ne zatraži isti princip za svaku bivšu Jugoslaviju pa da u sastav Republike BiH uđe i muslimanski Sandžak?”
Što se tiče Izetbegovićevog stava po pitanju formiranja bošnjačke nacionalne države, Džemaludin Latić tvrdi da je “morao pristati na taj vulgarni kocenpt [nacionalne države]”. Ipak, Adnan Jahić, predstavnik panislamističke struje u stranci, vjeruje da je “vječiti san Alije Izetbegovića, Mladog muslimana, bilo i ostalo stvaranje muslimanske države u BiH; taj mu se san, eto napokon ostvaruje i njemu zbog toga nije baš krivo”. Bez obzira šta bilo tačno, fakt je da je Izetbegović u svojim memoarima objavljenim 2011. godine, prikazuje glasanje Bošnjačkog sabora kao odbijanje svake etničke podjele BiH.
Bez obzira što je unutar SDA postojala struja koja je težila formiranju bošnjačke nacionalne države Armija Republike Bosne i Hercegovine, čiji je Vrhovni komandant bio Alija Izetbegović, nikada nije imala plan sistematskog etničkog čišćenja Srba i Hrvata. Nema sumnje da bi primjena sistematskog etničkog čišćenja od strane ARBiH uništila međunarodni legitimitet bosanskoj vlasti, prikazala rat u BiH kao rat svih protiv svih i dovela do prelaska u VRS i HVO brojnih Srba i Hrvata koji su se borili u redovima ARBiH. Štaviše, zaštita lokalnog srpskog i hrvatskog stanovništva predstavljala je uslov “sine qua non” da bi bošnjačka nacija ostala u centru reintegracije BiH, ukoliko bi došlo do etničkih podjela.
Sam Izetbegović o tome govori tokom obraćanja Bošnjačkom saboru u julu 1994. godine: “(…) naša borba za integraciju Bosne će zavisiti u velikoj mjeri od nas, od toga ko smo mi sami, šta hoćemo i šta možemo. Da li mi hoćemo i možemo da od dijela Bosne koji kontrolišemo napravimo savremenu, demokratsku i slobodnu zemlju. (…) Bosna ne trpi isključivost. Ovakva kakva jest, višenacionalna i viševjerska, ona traži nekoga kome to šarenilo ne smeta. A mi smo ti kojima to ne smeta. Nama ne smetaju ni crkve ni katedrale, mi smo naučili da živimo sa ljudima koji drugačije misle i osjećaju i smatramo to svojom prednošću. Stoga smo mi Bošnjaci, mi muslimanski narod Bosne, predodređeni da budemo predvodnici nove integracije Bosne. Ne da bi Bosna bila unitarna država – ona to ne može biti – nego da bi bila i ostala cijela”.
Kao pravi otac nacije, Izetbegović formuliše u to vrijeme bošnjačku nacionalnu strategiju koja će, uz nekoliko nijansi razlike, takva i ostati do njegove smrti 2003. godine. Preuzimajući scenario koji su razradili američki idejni tvorci Dejtonskog sporazuma, Izetbegović smatra da on može dovesti do postepene reintegracije BiH, pod uslovom da sve njegove odredbe budu ispoštovane. Iznad svega on insistira na pravu na povratak jer samo stvarni povratak lica raseljenih tokom rata može izbrisati etničku podjelu BiH. Izetbegović namjerava djelovati u okviru institucija uspostavljenih mirovnim sporazumom te preuzima u ratu iznesenu ideju prema kojoj bošnjačka strana mora biti uzor u smislu demokratije i ekonomskog razvoja kako bi Srbi i Hrvati, malo po malo, prihvatili BiH kao svoju državu. Ali on i dalje uporno misli da je “snažan i osviješćen bošnjački narod kičma BiH i, ako ne jedini, onda glavni garant opstanka BiH”.
Između 1996. i 2003. godine Izetbegović vodi više političkih bitaka za postupnu reintegraciju BiH od kojih je najupečatljivija ona za ustavne amandmane koji proširuju na cijeli bosanski teritorij prava sva tri konstitutivna naroda: bošnjačkog, srpskog i hrvatskog. U to vrijeme, strategija za koju se zalaže Izetbegović još uvijek uživa skoro jednodušnu podršku bošnjačkih političkih i intelektualnih elita. Ipak, Bošnjaci kao povratnici u Republiku Srpsku ostaju relativno malobrojni, a Izetbegovićeva optimistična predviđanja reintegracijskih potencijala Dejtonskog sporazuma se ne ostvaruju.
