Početkom rata, nakon napada srpskih snaga na Bosansku Krupu, postavljen je za starješinu štaba TO Bosanska Krupa. Kao istinski patriota i školovani oficir stavlja se na raspolaganje Armiji R BiH gdje obavlja niz odgovornih dužnosti. Na dužnost komandanta 511. slavne brigade imenovan je 14. augusta 1993. godine.
Na čelu brigade bio je sve do 13. juna 1994. godine kada je smrtno stradao na području Todorova na liniji prema paravojnim snagama Fikreta Abdića. Zajedno s njim u borbama je stradao i njegov lični pratilac Nihad Bužimkić. Nosilac je odlikovanja „Zlatni ljiljan“.
Na godišnjicu pogibije Mirsada Crnkića, porodica, rodbina, prijatelji te općinska delegacija i predstavnici udruženja proisteklih iz odbrambeno-oslobodilačkog rata posjetit će njegovu rodnu kuću, turbe na šehitlucima u Jezerskom dok će nakon podne namaza u Gradskoj džamiji biti proučen tevhid.
